Parafia w Sękowej powstała na mocy przywileju króla Kazimierza Wielkiego, wydanego w Bieczu 22 lutego 1363 roku. Jednak niektóre źródła historyczne sugerują rok 1346 lub 1348. Król uposażył parafię jednym łanem ziemi i ufundował kościół modrzewiowy. Parafia Sękowa została erygowana jako jedna z pierwszych w tym regionie.
Około 1520 roku został zbudowany drewniany kościół p.w. śś. Filipa i Jakuba jako świątynia parafialna – na zdjęciu(brak wzmianki o pierwszym kościele parafialnym).
Od I poł. XV w. parafia Sękowa znajdowała się w dekanacie bieckim. Pod koniec XIX w. należy do dekanatu gorlickiego. W jej skład wchodziło 21 wsi: Bartne, Banica, Czarne, Dragaszów, Gładyszów, Jasionka, Krzywa, Konieczna, Lipna, Małastów, Nowica, Pętna, Przegonina, Regetów, Ropica Ruska (obecnie Górna), Rychwałd (Owczary), Siary, Skwirtne, Smerekowiec, Wołowiec oraz Zdynia z Ługiem.
W XVI wieku działa tu Szkoła Parafialna, w XVIII wieku prężnie rozwija się Bractwo św. Anny. Swoją działalność rozwijają w XIX w. Bractwa Najświętszego Serca Pana Jezusa i Trzeźwości, zaś na początku XX w. Bractwo NMP Królowej Korony Polskiej oraz Związek Katolicko-Społeczny.
W okresie rozbiorów parafia znajdowała się pod patronatem szlacheckim. W tym czasie budowana jest nowa świątynia neogotycka p.w. św. Józefa Oblubieńca NMP, która staje się kościołem parafialnym. 12 października 1886 roku następuje konsekracja świątyni przez biskupa przemyskiego Łukasza Sołeckiego.
I i II wojna światowa spowodowały poważne zniszczenia kościołów znajdujących się na terenie parafii. Jednak wspólny wysiłek i ofiarna praca parafian oraz księży doprowadziły do odrestaurowania świątyń.
Obecnie do parafii należą trzy wsie: Sękowa, Siary i Owczary. Zamieszkuje ją 2730 wiernych. Parafia posiada trzy zabytkowe kościoły. Dojazdowy kościółek w Owczarach – dawna cerkiew greckokatolicka z XVII wieku. Drewniany kościółek gotycki z XVI wieku oraz kościół neogotycki z XIX wieku, znajdujące się w Sękowej.
Parafia obchodzi dwie Uroczystości Odpustowe: 19 marca ku czci św. Józefa i 26 lipca ku czci św. Anny.
Opracowano w oparciu o pracę magisterską ks. Mariusza Romanowskiego ? „Zabytkowy kościół pod wezwaniem świętych Apostołów Filipa i Jakuba w Sękowej oraz pracę dyplomową Anny Tenerowicz ? Dzieje obiektów sakralnych i ich opis w parafii Sękowa.”
